Documentos Complementares

Sobre a inserção de documentos complementares, qual o entendimento para este caso: Num pregão eletrônico a licitante ao anexar CND Municipal o fez em CNPJ diverso do estava ofertando proposta (não se tratava nem mesmo de filial) o pregoeiro ao analisar inabilitou a mesma, que recorreu afirmando que poderia incluir como documentos complementares ou mesmo que o pregoeiro poderia diligencias para confirmar que a mesma possuía a CND e ainda que fez o envio dos documentos de habilitação por meio físico via correio em 3 dias. (como ainda previa nos nossos editais, agora não mais somente via digital)
Eu entendo que a mesma não pode se socorrer da LC 123, anexo de documentos complementares e nem mesmo a possibilidade de diligência uma vez que não fez o anexo da Certidão no mesmo CNPJ que participava do certame.

Vocês também entendem como inabilitada o anexo de uma certidão (municipal) em CNPJ diverso do que participa do certame?