Então July, com base nas informações fornecidas, a situação apresenta uma divergência entre o prazo previsto na minuta contratual anexa ao edital (12 meses, prorrogáveis) e o prazo efetivamente estabelecido no contrato formalizado (36 meses).
Nesse caso, acho prudente observar alguns aspectos:
Princípio da vinculação ao instrumento convocatório: Nas licitações, deve haver estrita vinculação entre o que foi estabelecido no edital/minuta contratual e o contrato efetivamente celebrado. Qualquer cláusula divergente pode representar uma ilegalidade.
Entendimento jurisprudencial: O Tribunal de Contas da União (TCU), no passado, já se manifestou no sentido de que a divergência entre o prazo previsto no edital/minuta e o estabelecido no contrato configura irregularidade, devendo prevalecer o que consta no edital (Acórdão 1.977/2013 - Plenário).
Possibilidade de convalidação: Apesar da irregularidade, o TCU tem admitido a convalidação dos contratos com prazo divergente do edital, desde que não acarrete lesão ao interesse público e não tenha havido má-fé (Acórdão 1.091/2013 - Plenário).
Diante desse entendimento, salvo orientação mais acertada, penso que pode ser possível que o contrato em questão seja convalidado, desde que atendidos os seguintes requisitos:
a) O prazo de 36 meses não cause prejuízo à Administração Pública;
b) Não tenha havido má-fé por parte da Administração ou do contratado;
c) Haja interesse público na manutenção do contrato.
Para tanto, você poderia formalizar um termo de convalidação, devidamente motivado, explicitando as razões pelas quais a manutenção do contrato é vantajosa para a Administração. (Com aprovação do seu jurídico).
Caso não seja possível convalidar, a melhor alternativa seria rescindir o contrato atual e promover nova licitação, observando rigorosamente os prazos previstos no edital.