Só para tentar separar as caixinhas:
(i) reajuste (dos insumos) independe de pedido da contratada e a anualidade é contada da data limite de apresentação da proposta;
(ii) repactuação é decorrente da alteração dos custos com a mão de obra, em razão da nova CCT (a data-base da CCT na qual a proposta se baseou vira a data inicial para contagem de 1 ano da repactuação) e este depende de pedido da contratada, o que me parece ter sido feito pela empresa no caso em questão, ou seja, resguardou-se o direito, independente de ter findado o contrato.
Há ainda casos em que o contrato precisa ser renovado e a CCT nova ainda não está homologada e nestes casos insere-se uma cláusula no aditivo de prorrogação para resguardar o direito à contratada de pleitear posteriormente a repactuação.
Quanto ao caso relatado, onde a empresa não concordou com os cálculos da Administração, cumpre destacar que o prazo normativo é de 60 dias para efetivar a repactuação. Entendo que a manifestação de discordância deveria ter sido levada à autoridade competente para decisão (se acata os cálculos da Administração ou da empresa). Cabe à área técnica, do meu ponto de vista, apenas subsidiar tal decisão.
Hélio Souza