CONTRATO DE EXAME DE ALTO CUSTO - Prorrogação Serviço Continuo

Pessoal, bom dia.
Existia uma licitação, por item, de serviços de exame de alto custo no município.
Foi feita pelo sistema de registro de preços e o saldo foi transformado em contrato.
Nesse ano, fizemos outra licitação, só que alguns itens foram frustrados.
Posso prorrogar o contrato antigo apenas em relação aos itens frustrados até que eu repita o certame?

Não pode, pois não há amparo legal. Realiza uma dispensa de licitação com amparo no inciso IV, do art.24 da Lei 8.666/93 (dispensa por emergência).
Isso caso já tenha sido observado o exposto no § 4º do art. 57 da Lei 8.666/93:

§ 4o Em caráter excepcional, devidamente justificado e mediante autorização da autoridade superior, o prazo de que trata o inciso II do caput deste artigo poderá ser prorrogado por até doze meses. (Incluído pela Lei nº 9.648, de 1998)

Ainda posso prorrogar, mas minha dúvida é se posso prorrogar somente alguns itens
Ou prorrogo tudo e faço supressão ?

Pode prorrogar apenas alguns itens.