Combustível, licitação existente, saldo zerado, compra realizada

Bom dia.
Licitação vigente, onde uma EPP ganhou a cota e outra empresa ganhou o restante do saldo.
Existe um saldo para gastar por cota e o restante é de uma empresa grande.

O saldo financeiro da cota já tinha sido usado na integralidade, e continuou emitindo a requisição autorizando o gasto na empresa que ganhou a cota, o valor é pequeno.

O que fazer nesta situação, pois o órgão público utilizou o produto.

Gostaria de saber a opinião dos membros de como fariam para realizar o pagamento para a empresa nesta situação.

Abertura de processo de reconhecimento de dívida, pois, SMJ, não houve cobertura contratual.

@Alan.Advogado seu caso é similar ao já discutido em outro tópico.

Obrigado pela informação.