Nadya!
A legislação trabalhista é bem clara no sentido de que o enquadramento sindical da empresa se dá pela sua atividade econômica preponderante e não pela descrição do cargo contratado. Assim, na prática é inviável a Administração fixar previamente qual será o instrumento coletivo a ser adotado. Há julgados bem recentes do TCU exatamente neste sentido.
Em termos práticos, na formulação da proposta a empresa não se vincula ao instrumento coletivo adotado pela Administração como base para estimar os preços, mas no julgamento da proposta a Administração se vincula ao instrumento coletivo que a empresa se enquadrar, devido à sua atividade econômica preponderante.
Só uma ressalva: nos casos de categorias profissional regulamentadas por lei, todos são obrigados a adotar o instrumento coletivo da categoria, independentemente da atividade preponderante da empresa.
Sugiro enfaticamente a leitura deste didático artigo do professor Victor Amorim!