Bom dia, @Lucas_mateus!
Em primeiro lugar, atente-se que antes de julgar as propostas ou negociar, precisa conferir se a empresa atende às condições de participação, conforme art. 14 da Lei n° 14.133, de 2021. Não confunda com habilitação, que está prevista nos artigos 62 a 70 da mesma lei.
Em segundo lugar, no que se refere ao julgamento das propostas, em se tratando de terceirização essa etapa é basicamente o julgamento da planilha final ajustada. Ou seja, julgar a proposta no seu caso é basicamente analisar a planilha.
No entanto, de toda forma atente-se ao que fixa o Art. 59 da Lei 14.133/2021 e, principalmente, siga estritamente o que está no seu edital. Nenhum critério ou parâmetro que não esteja no edital pode ser usado para julgar as propostas.
Como se trata de um órgão federal do SISG, atente-se também para o que fixa a Instrução Normativa SEGES/MP n. 5, de 2017. Especialmente nessa parte:
7.2. Para fins de análise da proposta quanto ao cumprimento das especificações do objeto deverá estar previsto no ato convocatório, quando necessária, a manifestação escrita do setor requisitante do serviço ou da área especializada no objeto;
7.6. A análise da exequibilidade da proposta de preços nos serviços continuados com dedicação exclusiva da mão de obra deverá ser realizada com o auxílio da planilha de custos e formação de preços, a ser preenchida pelo licitante em relação à sua proposta final;
Ou seja, solicite manifestação escrita do setor requisitante ou de quem elaborou a planilha estimativa usada pela Administração para julgar a licitação.
Sobre se ater ao que está expresso no edital, o mesmo vale para a análise da habilitação, sendo que o modelo de edital da AGU prevê que:
A verificação pelo Pregoeiro/Agente de Contratação/Comissão, em sítios eletrônicos oficiais de órgãos e entidades emissores de certidões constitui meio legal de prova, para fins de habilitação.
Ou seja, antes de pedir para a empresa enviar quaisquer documentos de habilitação, busque você mesmo nos sites oficiais, e obtenha os documentos já disponíveis para consulta. Isso tanto por que o seu edital pode prever tal possibilidade, quanto por que ao convocar para a empresa enviar, além de dar prazo mínimo de duas horas, você ainda tem que ir lá nestes mesmos sites validar cada documento. Na prática é muito menos trabalhoso e seguro você mesmo buscar nos sites oficiais.
E ainda, a Instrução Normativa SEGES/MP n. 3, de 2018, fixa que:
Art. 21. O instrumento convocatório para as contratações públicas deverá conter cláusulas prevendo:
III - que a comprovação da regularidade fiscal e trabalhista, da qualificação econômico-financeira e da habilitação jurídica, conforme o caso, dar-se-á primeiramente por meio de consulta ao cadastro no Sicaf;
Art. 28. No caso da documentação já cadastrada no Sicaf estar em desconformidade com o previsto na legislação aplicável no momento da habilitação, ou haja a necessidade de solicitar documentos complementares aos já apresentados, o órgão licitante deverá comunicar o interessado para que promova a regularização.
Ou seja, o que já está no Sicaf, você é obrigado a usar e não pode exige nada da empresa se já estiver no Sicaf.