ISS - base de calculo diferente - serviço e material

Prezados Colegas
Estamos com uma situação que desconhecemos a solução.

Foi contratado prestação de serviço com fornecimento de mão obra. No momento do pagamento, a empresa apresentou notas fiscais separando serviço do material, porém o órgão foi autuado pela fiscalização municipal por recolher a menor.

A prefeitura considerou que o recolhimento do ISS foi feito errado pelo órgão, pois a base de cálculo deveria ser o total da nota, e não só do serviço.

O órgão recorreu administrativamente, porém o recurso foi indeferido.

Como devemos realizar o pagamento desse auto de infração e custas cartoriais? alguém já passou por situação semelhante?

Luana, no órgão estadual que trabalho, neste caso, pagaríamos o boleto do alto de infração, confeccionando o empenho em um elemento de despesa orçamentário com a natureza de “indenização”. Após, seria instruído um TCA (Termo Circunstanciado Administrativo) para apurar quem deu causa.

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@Karine.prates, pode me enviar um termo desses para fins de aprofundamento?