@Andre_Marek todo desconto deve ser realizado na planilha, afinal você não contratou um funcionário e sim um posto de trabalho, se houve uma falta sem reposição, deve se fazer fazer o ajuste na remuneração, calculando a proporcionalidade, bem como proceder o desconto das verbas indenizatórias (VT e VA).
Logo a alegação da empresa não prospera, os valores de materiais e uniformes serão os mesmos, o que ocorre é que o lucro e os custos indiretos são calculados com base no somatório de vários itens, como você alterará alguns para menos, certamente gerará um reflexo maior do que se apenas descontasse um dia de trabalho.
Já realizamos uma boa discussão sobre glosa no tópico abaixo, se quiser dar uma lida.