@JARBASFARIAS
Creio que hajam alguns tópicos por aqui sobre o tema. Mas quem também não todos pois sou novo por aqui, vou me atentar ao seu caso concreto.
Primeiramente, creio que seu “sistema”/IMR para apuração de faltas dos colaboradores deve ser diferente conforme controle de pagamento: Conta Vinculada - CV ou Fato Gerador – PFG.
Entendo que no caso de PFG, a base de cálculo para esse tipo de medição deve ser a soma daquelas rubricas de pagamento “sem ocorrência”. Ou seja, não poderia entrar na base de cálculo as rubricas de férias, 13º, custos com rescisão e custos com reposição - benefícios e materiais, entendo que dependerá do caso. Desta forma, quando do caso de o colaborador faltar todos os dias do mês apurado (não haver prestação de serviço), o valor apurado será zerado.
Nesse sentido (do pagamento pelo fato gerador), não haveria o que se falar em incluir na base de cálculo todos os “custos do profissional ausente”.
Quanto ao desconto das demais rubricas do submódulo 2.3, caberia analisar cada CCT, visto que alguns benefícios são pagos ao colaborador independentemente de faltas, outros não. Contudo, venho adotando, como padrão, a seguinte estrutura para glosa (fato gerador):

Nota-se que o cálculo de glosa do VT é um pouco mais complexo, pois seria o inverso de sua formação - limitado ao 6%.
Já no caso de CV, entendo – sem opinião formada - que só poderia haver “glosa por falta de colaborador” APENAS se o posto ficasse descoberto, a fim de não convergir para um “apuração de fato gerador disfarçado”. Quanto a dosimetria da glosa, entendo que a base de cálculo poderia ser adotada qualquer metodologia (dias úteis, dias corridos, percentual sobre o valor mensal do contrato, etc.), desde que prevista em edital.