Envio de proposta ajustada fora do prazo - Pregão

Prezados uma empresa foi solicitada a enviar a proposta ajustada de 10 itens de um total de 282 itens do pregão, em um prazo de 02 horas. A solicitação foi feitas as 15 hrs de quinta feira, o pregão foi suspenso às 17:30, sem o envio das propostas solicitadas, com data de reabertura na segunda-feira às 13:00hrs.

Fato eh que a empresa só enviou as propostas na segunda-feira às 10 hrs , horário em q o certame estava suspenso e nenhum momento solicitou prorrogação do prazo.

Tal fato só foi possível ,porque não consegui suspender o pregão via sistema devido ao cancelamento de um item, sendo o mesmo suspenso via chat. E ainda por descuido, não encerrei a convocação dos itens qnd findou o prazo.

Seria um excesso de formalismo desclassificar a empresa mesmo ela alegando que enviou a proposta, dentro do prazo, destes itens em uma convocação de um outro item? Ex: ela ganhou o item 2 , 3 e 4. Solicitado o envio no item 4, a mesma mesmo enviando fora do prazo argumenta que já havia enviado qnd convocado o item 2.