Situação resolvida.
Para aqueles que se depararem com situação semelhante saibam que ocorrerá empate ficto, devendo ser oportunizado a ME/EPP (cuja proposta tenha sido igual ou superior a 10% (concorrência) ou 5% (pregão)) dar um novo lance. Se você utiliza o ComprasGovBR saiba que ao desclassificar o primeiro colocado o próprio sistema identificará que houve empate ficto e incluirá um botão no fim da lista de proposta para que seja realizado o desempate. O próprio sistema convocará o licitante ME/EPP para que no prazo de 5 minutos efetue lance.