Desconto em Nota Fiscal

Prezados colegas,
Uma empresa precisa ressarcir à Administração um valor cobrado a mais referente a ISS. Ela questionou se poderia glosar na medição do serviço para que a nota fiscal já fosse emitida com esse valor a menos. O jurídico informou que nesse caso não cabe esse tipo de glosa, teria que ser feito o desconto do valor líquido a ser pago à empresa. Alguém sabe dizer se é isso mesmo e como deve ser a instrução no processo para esse tipo de desconto posterior (ex. autorização da empresa, lançamento da nota fiscal, etc.).
Desde já agradeço a atenção de vocês.