Contratos por lote - Concorrência - obras

Fizemos uma concorrência para construção de 06 creches, duas por lote, ou seja, são 03 lotes.
Uma empresa ganhou dois lotes e uma ganhou um lote.
Ao assinar os contratos optamos por fazer 1 contrato para cada lote, ou seja, a empresa que ganhou dois lotes assinou dois contratos.
Porém, o sistema que utilizamos para lançarmos compras e contratos não me permitiu separar em 3 contratos, ele me permitiria caso tivéssemos 3 fornecedores diferentes, em contato com a supervisão do sistema a informação foi a de que, legalmente não poderíamos ter feito dois contratos com a mesma empresa.
Ao que me consta isso é permitido, qual o entendimento de vocês?

Boa noite @roberta.freitas.

Meu entendimento é que na licitação por itens/lotes, cada um é considerado como uma licitação autônoma e independente, que apenas processa-se de forma conjugada em um único procedimento, conforme ensinamentos de Marçal Justen Filho:
“Na licitação por itens, há um único ato convocatório, que estabelece condições gerais para a realização de certames, que se processarão conjuntamente, mas de
modo autônomo. (…) A autonomia se revela pela faculdade outorgada aos licitantes
de produzir propostas apenas para alguns itens. Os requisitos de habilitação são apurados e cada proposta é julgada em função de cada item. Há diversos
julgamentos, tanto na fase de habilitação quanto na de exame de propostas. Mesmo que materialmente haja um único documento, haverá tantas decisões quanto sejam os itens objeto de avaliação.
(…)

Nessa toada cabe dizer que é perfeito o entendimento de um contrato por lote, independentemente da quantidade de lotes que determinado fornecedor tenha arrematado.

Espero ter ajudado.

Thiego