Alteração da planilha de custos após execução do contrato - concordância da empresa

Boa tarde pessoal,
Estou com um problema em uma licitação para contratação de desenvolvimento de software com dedicação exclusiva de mão de obra. A licitação foi encerrada e a empresa vencedora cotou o lucro maior que o valor máximo estabelecido no edital. A empresa já aceitou reduzir o valor, sem alterar os demais itens da planilha, havendo uma alteração no valor global. Qual seria o ato juridico adequado para correção da homologação? Alguém conhece algum precedente que indica a possibilidade de se fazer essa correção, pois algumas pessoas estão entendendo que não seria possível corrigir e que seria necessário anular o certame. Atenciosamente,