Recentemente homologuei um pregão eletrônico em que houve uma negociação de valor com o fornecedor via chat, onde foi aceita a redução do valor proposto, dessa forma solicitei o reenvio do anexo de proposta com os valores corrigidos. Entretanto, não me atentei em alterar o valor no ComprasNet e procedi com a sessão até sua posterior homologação, e só nesse momento notei a divergência entre o valor ofertado (reduzido) e o valor final no sistema.
Cancela a homologação do item, informando como justificativa esse relato que colocaste aqui, depois, cancele a adjudicação com o mesmo relato. Corrija o valor na adjudicação (informe para o item o valor negociado), adjudique o item e encaminhe para homologação.
O mesmo procedimento pode ser realizado direto na homologação, mas tenho como mais complicado, visto que terás que explicar para a Autoridade Competente os motivos e como realizar essa operação no Comprasnet.