Este critério de desconto no valor da tabela de preços máximos de medicamentos é inviável, conforme expliquei em outro tópico Compra de medicamentos abcfarma x cmed - #3 de Linea_Silva.
E é bastante difícil (por vezes impossível) remendar uma solução para os contratos concebidos com esta modelagem. Lá no outro tópico eu registrei um exemplo que permite entender pq cabe anulação de muitos atos administrativos insanáveis deste tipo de processo, ou, na pior das hipoteses, de todos os atos.
Depois de muita dor de cabeça, o órgão onde eu trabalhei percebeu que era sim errado adotar esta modelagem. Ou seja, o erro não era exclusivo da(s) contratada(s): ela(s) só era(m) errada(s) por ter(em) aceitado as condições do edital e a ele se vincular(em).
Daí que, se a licitação da qual forem oriundos os novos contratos adotar o critério de julgamento menor preço por item, estes novos contratos seriam providenciais para substituir os cancelados/anulados/extintos/rescindidos.