Alyne!
Não é necessário, na tela inicial do Aviso de Licitação, indicar que a licitação em si será com todos os itens exclusivos para ME/EPP. Basta indicar corretamente, em CADA ITEM, que ele será exclusivo.
Assim não ocorrerá o erro que você relatou, e ainda assim os itens individualmente ficarão todos exclusivos para ME/EPP.