Olá, @Eduardo_Melo !
A Administração faz o seu levantamento de expectativa de demanda e define o orçamento da contratação.
Para fins de escolha da melhor proposta na licitação, o desconto é sobre o preço de referência utilizado pela Administração.
Na execução contratual, por sua vez, esse desconto será aplicado SOB DEMANDA nos preços praticados na tabela SINAPI e, caso o serviço não seja contemplado por essa tabela, poderá ser utilizada as demais planilhas de custos oficiais, como por exemplo, ORSE e SETOP (por exemplo).
Existem diversas modelagens para esse tipo de contratação. Essa que resumo rapidamente acima é uma das mais praticadas.