Rodrigo, uma sugestão: para o gerenciamento de etapas do processo (check list) e indicação das que foram concluídas, inclusive com anotações, prazos e responsáveis, recomendo a extensão SEI+Trello. Esta ferramenta permite integrar o SEI ao Trello por meio de um cartão que aparece no processo e é bastante intuitivo. Por ser uma integração com o Trello, as anotações e registros não ficam limitados ao seu setor/unidade no SEI, sendo visível para usuários de outras unidades que utilizem a extensão e estejam indicados no time do Trello, além de outras funcionalidades, como a integração iCalendar, podendo gerar notificações de prazos por e-mail no Gmail, por exemplo.
O Pedro está trabalhando em um projeto muito bacana de Gestão de Projetos no SEI por meio da extensão SEI Pro, mas até que esteja disponível, fica a dica.
Hélio Souza