@Ronald primeiramente quero parabenizá-lo pela sua preocupação. Sua atitude de preocupar-se com a contratada e não sei com administração é louvável.
Como disse o @Marcelo_Torres no registro de preços foi estabelecida uma contratação minina, se sim, e a contratada assim anuiu, então ela assumiu este risco e você pode contratar sem que este peso do prejuízo paire em sua cabeça, no entanto cabe também a indagação se a estimativa não foi super repito superestimada.
Nesse tópico isso já foi discutido:
Então cabe a vocês deliberarem internamente da real necessidade de submeter talvez uma boa empresa a este prejuízo, que parente a expectativa de grande quantidade de serviços ofereceu um preço vantajoso a administração.
Então, se quer saber se pode contratar, sim direita que pode, se este quantitativo obedecer o mínimo estabelecido no TR, mas eu particularmente não faria, a não ser que emergencialmente, já que me colocaria no lugar do licitante, e não gostaria que tal atitude fosse tomada comigo.