Recuperação de valores pagos indevidamente à Contratada- Valor líquido ou Bruto?

Prezados,

Temos que realizar a recuperação de valores pagos indevidamente à Contratada (aviso prévio trabalhado) em um contrato vigente. Pergunto, no cálculo do valor a ser restituído deve ser considerado e descontados as alíquotas dos impostos retidos outrora nas notas fiscais já emitidas e quitadas? ou seria o Valor Bruto? Agradeceria se tivesse um amparo legal.