Rafael, uma alternativa teria sido diligenciar ao CREA para perguntar se, de fato, a mudança de Capital Social INVALIDAVA a certidão para os propósitos da licitação. De qualquer forma, a empresa inabilitada, em tese, poderia recorrer e apresentar esse argumento.
Vi um caso similar ao seu, em que também houve inabilitação:
http://ufvjm.edu.br/licitacoes/home/doc_view/4677-.html
Sugiro a leitura da postagem que acabei de fazer sobre o entendimento recente do TCU a respeito de matéria correlata
https://gestgov.discourse.group/t/tcu-sanear-documento-em-licitacao-a-prevalencia-do-fim-sobre-os-meios/13604