Situação bem delicada, Isabela.
Em tese, seria possível dar oportunidade à licitante de ajustar suas planilhas. Mas não pode aumentar o preço global, nem, pelo Comprasnet, aumentar o preço final ofertado para cada item.
Quanto ao preço superior ao estimado, a aceitação depende de como está definido o critério no edital. Se o estimado não foi tratado como “preço máximo” (sim, são coisas diferentes), então a análise é de “compatibilidade”, não precisa necessariamente estar abaixo do estimado.
Outra questão que pode ser suscitada é o jogo de planilha. Fica um item do grupo abaixo do estimado e outro acima e, na execução, acaba carregando nesse item mais caro. É um risco que o TCU vive alertando na aceitação de propostas.
Se a empresa é tributada pelo Lucro Presumido, talvez o jeito mais simples de analisar a coisa seja lidar com os impostos obrigatórios (IRPJ e CSLL) e isso provavelmente deixa a proposta inexequível. Veja o caso da licitação da CGU citado na postagem que o Thiago citou: Não inclusão IRPJ e CSLL na planilha de custos NELCA